Skip to main content

Table 1 Mean CT and mean AE for the 46 bladder cancer related genes and the endogenous control GUSB obtained before and after cDNA preamplification.

From: Multiplex preamplification of specific cDNA targets prior to gene expression analysis by TaqMan Arrays

Gene symbol

Primer/probe set (AB)

Validated samples

NPA samples

PA samples

Mean Ct decrement

r

NPA samples

PA samples

  

n NPA

n PA

Mean Ct

St Dev

Mean Ct

St Dev

  

Mean AE

St Dev

Mean AE

St Dev

ANK2

Hs00153998_m1

1

18

29,22

-

25,90

-

3,32

-

1,889

-

1,794

-

ANLN

Hs00218803_m1

17

20

28,50

1,58

23,97

1,64

4,53

0,966

1,807

0,06

1,834

0,09

ANXA10

Hs00200464_m1

16

20

27,19

2,83

22,87

2,45

4,32

0,992

1,987

0,05

1,962

0,08

ASAM

Hs00293345_m1

3

15

29,39

1,08

25,31

0,93

4,09

0,965

1,926

-

1,752

-

ASPM

Hs00411505_m1

16

21

27,88

1,63

23,93

1,52

3,95

0,978

1,897

0,05

1,838

0,09

C14orf78

Hs00746838_s1

16

22

28,65

1,78

24,56

1,52

4,09

0,991

1,933

0,06

1,796

0,09

CCNA2

Hs00153138_m1

17

20

28,65

1,78

25,22

1,74

3,42

0,93

1,821

0,03

1,688

0,06

CDC2

Hs00364293_m1

16

20

28,47

1,77

23,86

1,74

4,61

0,96

1,867

0,06

1,823

0,09

CDC20

Hs00415851_g1

20

20

28,09

2,19

24,09

2,12

4,01

0,973

1,816

0,05

1,803

0,09

CDCA1

Hs00230097_m1

13

20

28,76

1,40

24,37

1,26

4,40

0,944

1,944

0,02

1,768

0,10

CENPF

Hs00193201_m1

16

21

28,20

1,65

24,55

1,58

3,65

0,96

1,898

0,04

1,840

0,10

CFH

Hs00164830_m1

19

22

26,66

2,40

22,71

2,15

3,95

0,978

1,832

0,04

1,786

0,02

CRH

Hs00174941_m1

9

11

25,42

2,67

23,01

2,31

2,40

0,967

1,836

0,06

1,711

0,11

CTSE

Hs00157213_m1

19

21

25,60

3,52

21,38

3,38

4,22

0,997

1,858

0,05

1,842

0,03

CYP24A1

Hs00167999_m1

19

21

26,40

3,11

22,62

2,93

3,78

0,994

1,944

0,07

1,940

0,08

EBF

Hs00395513_m1

3

14

29,87

0,67

26,27

0,44

3,60

0,817

1,665

-

1,651

-

FGFR3

Hs00179829_m1

18

20

23,88

2,76

21,26

2,67

2,62

0,967

1,833

0,04

1,753

0,07

FOXM1

Hs00153543_m1

15

20

28,38

2,00

24,67

1,88

3,71

0,971

1,896

0,05

1,718

0,05

GJB2

Hs00269615_s1

21

22

26,13

2,39

22,27

2,36

3,86

0,984

1,864

0,05

1,888

0,06

GUSB

Hs99999908_m1

22

22

25,18

2,08

20,79

2,14

4,40

-

1,914

0,04

1,942

0,07

IGF2

Hs00171254_m1

18

21

25,15

3,98

23,08

3,90

2,07

0,993

1,835

0,06

1,743

0,07

IQGAP3

Hs00603642_m1

14

20

28,29

1,52

24,18

1,49

4,11

0,978

1,886

0,03

1,782

0,04

KIF20A

Hs00194882_m1

12

20

28,11

1,47

24,26

1,47

3,85

0,982

1,905

0,03

1,786

0,08

KIF2C

Hs00199232_m1

17

21

27,97

1,87

23,88

1,93

4,09

0,966

1,804

0,05

1,739

0,06

KIF4A

Hs00602211_g1

13

20

28,27

1,56

24,02

1,37

4,25

0,968

1,872

0,07

1,797

0,08

KLF9

Hs00230918_m1

21

22

27,60

1,66

23,65

1,54

3,95

0,955

1,793

0,08

1,805

0,07

KRT14

Hs00265033_m1

12

20

29,12

1,34

25,66

1,54

3,45

0,97

1,995

0,08

1,780

0,15

KRT20

Hs00300643_m1

19

21

23,21

3,05

19,54

2,84

3,66

0,986

1,977

0,05

2,019

0,08

MAGEA3

Hs00366532_m1

5

8

28,01

0,44

24,50

0,73

3,51

0,935

1,790

0,05

1,747

0,03

MAGEA9

Hs00245619_s1

13

21

27,44

1,74

23,99

1,66

3,45

0,986

1,874

0,02

1,736

0,07

MCM10

Hs00218560_m1

9

20

28,82

1,09

25,16

1,12

3,66

0,968

1,861

0,03

1,694

0,03

MELK

Hs00207681_m1

13

20

28,33

1,58

24,83

1,60

3,50

0,932

1,821

0,07

1,671

0,10

MMP1

Hs00233958_m1

18

21

26,04

2,92

22,34

2,91

3,71

0,986

1,686

0,06

1,640

0,07

MMP12

Hs00159178_m1

12

18

28,19

2,17

23,17

2,11

5,01

0,987

1,846

0,11

1,818

0,09

NEK2

Hs00601227_mH

12

21

28,78

1,56

24,39

1,47

4,38

0,963

1,737

0,06

1,773

0,09

NR2F1

Hs00818842_m1

6

19

29,08

1,52

24,77

1,51

4,31

0,984

1,845

0,05

1,790

0,01

PDZRN3

Hs00392900_m1

10

22

26,72

2,07

23,11

1,74

3,61

0,99

1,888

0,05

1,736

0,11

POLQ

Hs00198196_m1

10

19

29,47

1,09

24,98

1,20

4,49

0,914

1,807

0,07

1,608

0,15

POSTN

Hs00170815_m1

4

12

28,96

1,45

24,70

1,47

4,26

0,983

1,904

0,09

1,837

0,12

PPIA

Hs99999904_m1

22

22

21,54

2,32

17,76

2,29

3,78

0,927

1,912

0,04

1,991

0,10

PPP1R14D

Hs00214613_m1

8

18

28,18

2,05

24,29

1,68

3,89

0,989

1,886

0,07

1,833

0,14

PTPRC

Hs00236304_m1

22

22

25,15

2,03

21,62

2,18

3,53

0,986

1,944

0,06

1,886

0,09

SLC1A6

Hs00192604_m1

7

12

27,54

2,05

23,63

1,34

3,92

0,978

1,743

0,03

1,683

0,02

TERT

Hs00162669_m1

2

12

29,40

1,13

26,10

1,64

3,31

-

1,856

-

1,697

-

TOP2A

Hs00172214_m1

19

20

27,40

2,42

23,31

2,27

4,09

0,909

1,890

0,06

1,873

0,09

TPX2

Hs00201616_m1

18

20

27,69

2,17

23,91

2,04

3,78

0,968

1,990

0,07

1,931

0,07

TRIP13

Hs00188500_m1

18

20

28,03

1,96

23,83

1,90

4,21

0,976

1,893

0,05

1,806

0,05

  1. Key: CT, Cycle Threshold; AE, Amplification Efficiency; NPA, Non-Preamplified; PA, Preamplified; St Dev, Standard Deviation.