Skip to main content

Table 1 Mean CT and mean AE for the 46 bladder cancer related genes and the endogenous control GUSB obtained before and after cDNA preamplification.

From: Multiplex preamplification of specific cDNA targets prior to gene expression analysis by TaqMan Arrays

Gene symbol Primer/probe set (AB) Validated samples NPA samples PA samples Mean Ct decrement r NPA samples PA samples
   n NPA n PA Mean Ct St Dev Mean Ct St Dev    Mean AE St Dev Mean AE St Dev
ANK2 Hs00153998_m1 1 18 29,22 - 25,90 - 3,32 - 1,889 - 1,794 -
ANLN Hs00218803_m1 17 20 28,50 1,58 23,97 1,64 4,53 0,966 1,807 0,06 1,834 0,09
ANXA10 Hs00200464_m1 16 20 27,19 2,83 22,87 2,45 4,32 0,992 1,987 0,05 1,962 0,08
ASAM Hs00293345_m1 3 15 29,39 1,08 25,31 0,93 4,09 0,965 1,926 - 1,752 -
ASPM Hs00411505_m1 16 21 27,88 1,63 23,93 1,52 3,95 0,978 1,897 0,05 1,838 0,09
C14orf78 Hs00746838_s1 16 22 28,65 1,78 24,56 1,52 4,09 0,991 1,933 0,06 1,796 0,09
CCNA2 Hs00153138_m1 17 20 28,65 1,78 25,22 1,74 3,42 0,93 1,821 0,03 1,688 0,06
CDC2 Hs00364293_m1 16 20 28,47 1,77 23,86 1,74 4,61 0,96 1,867 0,06 1,823 0,09
CDC20 Hs00415851_g1 20 20 28,09 2,19 24,09 2,12 4,01 0,973 1,816 0,05 1,803 0,09
CDCA1 Hs00230097_m1 13 20 28,76 1,40 24,37 1,26 4,40 0,944 1,944 0,02 1,768 0,10
CENPF Hs00193201_m1 16 21 28,20 1,65 24,55 1,58 3,65 0,96 1,898 0,04 1,840 0,10
CFH Hs00164830_m1 19 22 26,66 2,40 22,71 2,15 3,95 0,978 1,832 0,04 1,786 0,02
CRH Hs00174941_m1 9 11 25,42 2,67 23,01 2,31 2,40 0,967 1,836 0,06 1,711 0,11
CTSE Hs00157213_m1 19 21 25,60 3,52 21,38 3,38 4,22 0,997 1,858 0,05 1,842 0,03
CYP24A1 Hs00167999_m1 19 21 26,40 3,11 22,62 2,93 3,78 0,994 1,944 0,07 1,940 0,08
EBF Hs00395513_m1 3 14 29,87 0,67 26,27 0,44 3,60 0,817 1,665 - 1,651 -
FGFR3 Hs00179829_m1 18 20 23,88 2,76 21,26 2,67 2,62 0,967 1,833 0,04 1,753 0,07
FOXM1 Hs00153543_m1 15 20 28,38 2,00 24,67 1,88 3,71 0,971 1,896 0,05 1,718 0,05
GJB2 Hs00269615_s1 21 22 26,13 2,39 22,27 2,36 3,86 0,984 1,864 0,05 1,888 0,06
GUSB Hs99999908_m1 22 22 25,18 2,08 20,79 2,14 4,40 - 1,914 0,04 1,942 0,07
IGF2 Hs00171254_m1 18 21 25,15 3,98 23,08 3,90 2,07 0,993 1,835 0,06 1,743 0,07
IQGAP3 Hs00603642_m1 14 20 28,29 1,52 24,18 1,49 4,11 0,978 1,886 0,03 1,782 0,04
KIF20A Hs00194882_m1 12 20 28,11 1,47 24,26 1,47 3,85 0,982 1,905 0,03 1,786 0,08
KIF2C Hs00199232_m1 17 21 27,97 1,87 23,88 1,93 4,09 0,966 1,804 0,05 1,739 0,06
KIF4A Hs00602211_g1 13 20 28,27 1,56 24,02 1,37 4,25 0,968 1,872 0,07 1,797 0,08
KLF9 Hs00230918_m1 21 22 27,60 1,66 23,65 1,54 3,95 0,955 1,793 0,08 1,805 0,07
KRT14 Hs00265033_m1 12 20 29,12 1,34 25,66 1,54 3,45 0,97 1,995 0,08 1,780 0,15
KRT20 Hs00300643_m1 19 21 23,21 3,05 19,54 2,84 3,66 0,986 1,977 0,05 2,019 0,08
MAGEA3 Hs00366532_m1 5 8 28,01 0,44 24,50 0,73 3,51 0,935 1,790 0,05 1,747 0,03
MAGEA9 Hs00245619_s1 13 21 27,44 1,74 23,99 1,66 3,45 0,986 1,874 0,02 1,736 0,07
MCM10 Hs00218560_m1 9 20 28,82 1,09 25,16 1,12 3,66 0,968 1,861 0,03 1,694 0,03
MELK Hs00207681_m1 13 20 28,33 1,58 24,83 1,60 3,50 0,932 1,821 0,07 1,671 0,10
MMP1 Hs00233958_m1 18 21 26,04 2,92 22,34 2,91 3,71 0,986 1,686 0,06 1,640 0,07
MMP12 Hs00159178_m1 12 18 28,19 2,17 23,17 2,11 5,01 0,987 1,846 0,11 1,818 0,09
NEK2 Hs00601227_mH 12 21 28,78 1,56 24,39 1,47 4,38 0,963 1,737 0,06 1,773 0,09
NR2F1 Hs00818842_m1 6 19 29,08 1,52 24,77 1,51 4,31 0,984 1,845 0,05 1,790 0,01
PDZRN3 Hs00392900_m1 10 22 26,72 2,07 23,11 1,74 3,61 0,99 1,888 0,05 1,736 0,11
POLQ Hs00198196_m1 10 19 29,47 1,09 24,98 1,20 4,49 0,914 1,807 0,07 1,608 0,15
POSTN Hs00170815_m1 4 12 28,96 1,45 24,70 1,47 4,26 0,983 1,904 0,09 1,837 0,12
PPIA Hs99999904_m1 22 22 21,54 2,32 17,76 2,29 3,78 0,927 1,912 0,04 1,991 0,10
PPP1R14D Hs00214613_m1 8 18 28,18 2,05 24,29 1,68 3,89 0,989 1,886 0,07 1,833 0,14
PTPRC Hs00236304_m1 22 22 25,15 2,03 21,62 2,18 3,53 0,986 1,944 0,06 1,886 0,09
SLC1A6 Hs00192604_m1 7 12 27,54 2,05 23,63 1,34 3,92 0,978 1,743 0,03 1,683 0,02
TERT Hs00162669_m1 2 12 29,40 1,13 26,10 1,64 3,31 - 1,856 - 1,697 -
TOP2A Hs00172214_m1 19 20 27,40 2,42 23,31 2,27 4,09 0,909 1,890 0,06 1,873 0,09
TPX2 Hs00201616_m1 18 20 27,69 2,17 23,91 2,04 3,78 0,968 1,990 0,07 1,931 0,07
TRIP13 Hs00188500_m1 18 20 28,03 1,96 23,83 1,90 4,21 0,976 1,893 0,05 1,806 0,05
  1. Key: CT, Cycle Threshold; AE, Amplification Efficiency; NPA, Non-Preamplified; PA, Preamplified; St Dev, Standard Deviation.