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Table 1 The pair-wise comparison of general-purpose matrices on groups from the SUP sub-set.

From: Protein sequence alignment with family-specific amino acid similarity matrices

  VTML GONN BL30 BL50 BL62 PAM120 PAM160 PAM250 BC-STR STRM
VTML 0;0 55;5 98;12 28;15 23;11 81;4 83;4 78;8 44;16 59;5
GONN 5;55 0;0 41;16 11;47 13;42 27;10 27;10 33;8 16;43 24;19
BL30 12;98 16;41 0;0 9;77 12;82 18;35 21;28 20;29 4;64 12;47
BL50 15;28 47;11 77;9 0;0 12;10 57;6 53;3 59;6 28;15 56;11
BL62 11;23 42;13 82;12 10;12 0;0 60;7 51;9 56;11 23;21 43;8
PAM120 4;81 10;27 35;18 6;57 7;60 0;0 9;15 20;19 6;53 12;31
PAM160 4;83 10;27 28;21 3;53 9;51 15;9 0;0 13;16 10;49 10;29
PAM250 8;78 8;33 29;20 6;59 11;56 19;20 16;13 0;0 11;52 10;35
BC-STR 16;44 43;16 64;4 15;28 21;23 53;6 49;10 52;11 0;0 37;9
STRM 5;59 19;24 47;12 11;56 8;43 31;12 29;10 35;10 9;37 0;0
  1. Matrices shown: VTML - VTML200 [38], GONN - Gonnet et al [40], BL30/50/62 - BLOSUM30/50/62 [20], PAM120/160/250 [21], BC-STR [24], STRM - STROMA [39]. A cell formed by the intersection of row i and column j shows the results of the pair-wise comparison of matrices (i, j), and contains two numbers: first is the number of groups on which matrix i performs significantly better than j, second is the number of groups on which matrix j performs significantly better than i.