Protein sequence alignment with family-specific amino acid similarity matrices

BMC Research Notes

Table 1 The pair-wise comparison of general-purpose matrices on groups from the SUP sub-set.

	VTML	GONN	BL30	BL50	BL62	PAM120	PAM160	PAM250	BC-STR	STRM
VTML	0;0	55;5	98;12	28;15	23;11	81;4	83;4	78;8	44;16	59;5
GONN	5;55	0;0	41;16	11;47	13;42	27;10	27;10	33;8	16;43	24;19
BL30	12;98	16;41	0;0	9;77	12;82	18;35	21;28	20;29	4;64	12;47
BL50	15;28	47;11	77;9	0;0	12;10	57;6	53;3	59;6	28;15	56;11
BL62	11;23	42;13	82;12	10;12	0;0	60;7	51;9	56;11	23;21	43;8
PAM120	4;81	10;27	35;18	6;57	7;60	0;0	9;15	20;19	6;53	12;31
PAM160	4;83	10;27	28;21	3;53	9;51	15;9	0;0	13;16	10;49	10;29
PAM250	8;78	8;33	29;20	6;59	11;56	19;20	16;13	0;0	11;52	10;35
BC-STR	16;44	43;16	64;4	15;28	21;23	53;6	49;10	52;11	0;0	37;9
STRM	5;59	19;24	47;12	11;56	8;43	31;12	29;10	35;10	9;37	0;0

Matrices shown: VTML - VTML200 [38], GONN - Gonnet et al [40], BL30/50/62 - BLOSUM30/50/62 [20], PAM120/160/250 [21], BC-STR [24], STRM - STROMA [39]. A cell formed by the intersection of row i and column j shows the results of the pair-wise comparison of matrices (i, j), and contains two numbers: first is the number of groups on which matrix i performs significantly better than j, second is the number of groups on which matrix j performs significantly better than i.

ISSN: 1756-0500