Table 2 The pair-wise comparison of general-purpose matrices on groups from the TWI sub-set.
From: Protein sequence alignment with family-specific amino acid similarity matrices
| Â | VTML | GONN | BL30 | BL50 | BL62 | PAM120 | PAM160 | PAM250 | BC-STR | STRM |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VTML | 0;0 | 21;3 | 39;4 | 10;12 | 13;12 | 31;4 | 31;3 | 26;2 | 15;13 | 15;10 |
GONN | 3;21 | 0;0 | 21;6 | 3;16 | 6;19 | 20;6 | 13;2 | 13;5 | 4;17 | 7;6 |
BL30 | 4;39 | 6;21 | 0;0 | 3;37 | 5;38 | 16;18 | 13;14 | 8;15 | 3;28 | 5;24 |
BL50 | 12;10 | 16;3 | 37;3 | 0;0 | 11;6 | 27;2 | 26;3 | 25;4 | 12;8 | 13;6 |
BL62 | 12;13 | 19;6 | 38;5 | 6;11 | 0;0 | 23;1 | 23;1 | 27;5 | 17;10 | 15;10 |
PAM120 | 4;31 | 6;20 | 18;16 | 2;27 | 1;23 | 0;0 | 11;10 | 12;12 | 2;25 | 6;18 |
PAM160 | 3;31 | 2;13 | 14;13 | 3;26 | 1;23 | 10;11 | 0;0 | 9;9 | 2;29 | 3;19 |
PAM250 | 2;26 | 5;13 | 15;8 | 4;25 | 5;27 | 12;12 | 9;9 | 0;0 | 4;24 | 5;17 |
BC-STR | 13;15 | 17;4 | 28;3 | 8;12 | 10;17 | 25;2 | 29;2 | 24;4 | 0;0 | 11;5 |
STRM | 10;15 | 6;7 | 24;5 | 6;13 | 10;15 | 18;6 | 19;3 | 17;5 | 5;11 | 0;0 |