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Table 2 The pair-wise comparison of general-purpose matrices on groups from the TWI sub-set.

From: Protein sequence alignment with family-specific amino acid similarity matrices

  VTML GONN BL30 BL50 BL62 PAM120 PAM160 PAM250 BC-STR STRM
VTML 0;0 21;3 39;4 10;12 13;12 31;4 31;3 26;2 15;13 15;10
GONN 3;21 0;0 21;6 3;16 6;19 20;6 13;2 13;5 4;17 7;6
BL30 4;39 6;21 0;0 3;37 5;38 16;18 13;14 8;15 3;28 5;24
BL50 12;10 16;3 37;3 0;0 11;6 27;2 26;3 25;4 12;8 13;6
BL62 12;13 19;6 38;5 6;11 0;0 23;1 23;1 27;5 17;10 15;10
PAM120 4;31 6;20 18;16 2;27 1;23 0;0 11;10 12;12 2;25 6;18
PAM160 3;31 2;13 14;13 3;26 1;23 10;11 0;0 9;9 2;29 3;19
PAM250 2;26 5;13 15;8 4;25 5;27 12;12 9;9 0;0 4;24 5;17
BC-STR 13;15 17;4 28;3 8;12 10;17 25;2 29;2 24;4 0;0 11;5
STRM 10;15 6;7 24;5 6;13 10;15 18;6 19;3 17;5 5;11 0;0
  1. Matrix names are the same as in Table 1. A cell formed by the intersection of row i and column j shows the results of the pair-wise comparison of matrices (i, j), and contains two numbers: first is the number of groups on which matrix i performs significantly better than j, second is the number of groups on which matrix j performs significantly better than i.