TY - JOUR AU - Krishnamoorthy, M. AU - Patel, P. AU - Dimitrijevic, M. AU - Dietrich, J. AU - Green, M. AU - Macken, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Tree pruner: an efficient tool for selecting data from a biased genetic database JO - BMC Bioinforma VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-51 DO - 10.1186/1471-2105-12-51 ID - Krishnamoorthy2011 ER - TY - CHAP AU - Zaslavsky, L. AU - Tatusova, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mining the NCBI influenza sequence database: adaptive grouping of BLAST results using precalculated neighbor indexing BT - PLoS Curr ID - Zaslavsky2009 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Asimenos, G. AU - Toh, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Multiple alignment of DNA sequences with MAFFT JO - Methods Mol Biol VL - 537 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-59745-251-9_3 DO - 10.1007/978-1-59745-251-9_3 ID - Katoh2009 ER - TY - JOUR AU - Capella-Gutiérrez, S. AU - Silla-Martínez, J. M. AU - Gabaldón, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp348 DO - 10.1093/bioinformatics/btp348 ID - Capella-Gutiérrez2009 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - JOUR AU - Curtis, B. A. AU - Tanifuji, G. AU - Burki, F. AU - Gruber, A. AU - Irimia, M. AU - Maruyama, S. AU - Arias, M. C. AU - Ball, S. G. AU - Gile, G. H. AU - Hirakawa, Y. AU - Hopkins, J. F. AU - Kuo, A. AU - Rensing, S. A. AU - Schmutz, J. AU - Symeonidi, A. AU - Elias, M. AU - Eveleigh, R. J. M. AU - Herman, E. K. AU - Klute, M. J. AU - Nakayama, T. AU - Obornik, M. AU - Reyes-Prieto, A. AU - Armbrust, E. V. AU - Aves, S. J. AU - Beiko, R. G. AU - Coutinho, P. AU - Dacks, J. B. AU - Durnford, D. G. AU - Fast, N. M. AU - Green, B. R. AU - Grisdale, C. J. AU - Hempel, F. AU - Henrissat, B. AU - Höppner, M. P. AU - Ishida, K. -. I. AU - Kim, E. AU - Kořený, L. AU - Kroth, P. G. AU - Liu, Y. AU - Malik, S. -. B. AU - Maier, U. -. G. AU - McRose, D. AU - Mock, T. AU - Neilson, J. A. D. AU - Onodera, N. T. AU - Poole, A. M. AU - Pritham, E. J. AU - Richards, T. A. AU - Rocap, G. AU - Roy, S. W. AU - Sarai, C. AU - Schaack, S. AU - Shirato, S. AU - Slamovits, C. H. AU - Spencer, D. F. AU - Suzuki, S. AU - Worden, A. Z. AU - Zauner, S. AU - Barry, K. AU - Bell, C. AU - Bharti, A. K. AU - Crow, J. A. AU - Grimwood, J. AU - Kramer, R. AU - Lindquist, E. AU - Lucas, S. AU - Salamov, A. AU - McFadden, G. I. AU - Lane, C. E. AU - Keeling, P. J. AU - Gray, M. W. AU - Grigoriev, I. V. AU - Archibald, J. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Algal genomes reveal evolutionary mosaicism and the fate of nucleomorphs JO - Nature VL - 492 UR - https://doi.org/10.1038/nature11681 DO - 10.1038/nature11681 ID - Curtis2012 ER - TY - JOUR AU - Koski, L. B. AU - Golding, G. B. PY - 2001 DA - 2001// TI - The closest BLAST hit is often not the nearest neighbor JO - J Mol Evol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1007/s002390010184 DO - 10.1007/s002390010184 ID - Koski2001 ER - TY - JOUR AU - Lartillot, N. AU - Lepage, T. AU - Blanquart, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - PhyloBayes 3: a Bayesian software package for phylogenetic reconstruction and molecular dating JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp368 DO - 10.1093/bioinformatics/btp368 ID - Lartillot2009 ER - TY - JOUR AU - Huelsenbeck, J. P. AU - Ronquist, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754 DO - 10.1093/bioinformatics/17.8.754 ID - Huelsenbeck2001 ER -