TY - JOUR AU - Papagrigorakis, M. J. AU - Yapijakis, C. AU - Synodinos, P. N. AU - Baziotopoulou-Valavani, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - DNA examination of ancient dental pulp incriminates typhoid fever as a probable cause of the Plague of Athens JO - Int J Infect Dis VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijid.2005.09.001 DO - 10.1016/j.ijid.2005.09.001 ID - Papagrigorakis2006 ER - TY - JOUR AU - Shapiro, B. AU - Rambaut, A. AU - Gilbert, M. T. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - No proof that typhoid caused the Plague of Athens (a reply to Papagrigorakis et al.) JO - Int J Infect Dis VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijid.2006.02.006 DO - 10.1016/j.ijid.2006.02.006 ID - Shapiro2006 ER - TY - JOUR AU - Drancourt, M. AU - Aboudharam, G. AU - Signoli, M. AU - Dutour, O. AU - Raoult, D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Detection of 400-year-old Yersinia pestis DNA in human dental pulp: an approach to the diagnosis of ancient septicemia JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.21.12637 DO - 10.1073/pnas.95.21.12637 ID - Drancourt1998 ER - TY - JOUR AU - Zink, A. R. AU - Sola, C. AU - Reischl, U. AU - Grabner, W. AU - Rastogi, N. AU - Wolf, H. AU - Nerlich, A. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Characterization of Mycobacterium tuberculosis complex DNAs from Egyptian mummies by spoligotyping JO - J Clin Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.41.1.359-367.2003 DO - 10.1128/JCM.41.1.359-367.2003 ID - Zink2003 ER - TY - JOUR AU - Nguyen-Hieu, T. AU - Aboudharam, G. AU - Signoli, M. AU - Rigeade, C. AU - Drancourt, M. AU - Raoult, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evidence of a louse-born outbreak involving typhus in Douai, 1710–1712 during the War of Spanish Succession JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015405 DO - 10.1371/journal.pone.0015405 ID - Nguyen-Hieu2010 ER - TY - JOUR AU - Gernaey, A. M. AU - Minnikin, D. E. AU - Copley, M. S. AU - Dixon, R. A. AU - Middleton, J. C. AU - Roberts, C. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mycolic acids and ancient DNA confirm an osteological diagnosis of tuberculosis JO - Tuberculosis VL - 81 UR - https://doi.org/10.1054/tube.2001.0295 DO - 10.1054/tube.2001.0295 ID - Gernaey2001 ER - TY - JOUR AU - Kolman, C. J. AU - Centurion-Lara, A. AU - Lukehart, S. A. AU - Owsley, D. A. AU - Tuross, N. PY - 2060–2063 DA - 2060–2063// TI - Identification of Treponema pallidum subspecies pallidum in a 200-year-old skeletal specimen JO - J Infect Dis VL - 1999 ID - Kolman2060–2063 ER - TY - JOUR AU - Bianucci, R. AU - Rahalison, L. AU - Ferroglio, E. AU - Massa, E. R. AU - Signoli, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Détection de l’antigène F1 de Yersinia pestis dans les restes humains anciens à l’aide d’un test de diagnostic rapide JO - C R Biol VL - 330 UR - https://doi.org/10.1016/j.crvi.2007.07.007 DO - 10.1016/j.crvi.2007.07.007 ID - Bianucci2007 ER - TY - JOUR AU - Bianucci, R. AU - Rahalison, L. AU - Massa, E. R. AU - Peluso, A. AU - Ferroglio, E. AU - Signoli, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Technical note: a rapid diagnostic test detects plague in ancient human remains: an example of the interaction between archaeological and biological approaches (Southeastern France, 16th‒18th centuries) JO - Am J Phys Anthropol VL - 136 UR - https://doi.org/10.1002/ajpa.20818 DO - 10.1002/ajpa.20818 ID - Bianucci2008 ER - TY - JOUR AU - Bianucci, R. AU - Rahalison, L. AU - Peluso, A. AU - Massa, E. R. AU - Ferroglio, E. AU - Signoli, M. AU - Langlois, J. -. Y. AU - Gallien, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Plague immunodetection in remains of religious exhumed from burial sites in central France JO - J Arch Sci VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/j.jas.2008.10.007 DO - 10.1016/j.jas.2008.10.007 ID - Bianucci2009 ER - TY - JOUR AU - Haensch, S. AU - Bianucci, R. AU - Signoli, M. AU - Rajerison, M. AU - Schultz, M. AU - Kacki, S. AU - Vermunt, M. AU - Weston, D. A. AU - Hurst, D. AU - Achtman, M. AU - Carniel, E. AU - Bramanti, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Distinct clones of Yersinia pestis caused the Black Death JO - PLoS Pathog VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1001134 DO - 10.1371/journal.ppat.1001134 ID - Haensch2010 ER - TY - JOUR AU - Kacki, S. AU - Rahalison, L. AU - Rajerison, M. AU - Ferroglio, E. AU - Bianucci, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Black Death in the rural cemetery of Saint-Laurent-de-la-Cabrerisse Aude-Languedoc, southern France, 14th century: immunological evidence JO - J Arch Sci VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.jas.2010.10.012 DO - 10.1016/j.jas.2010.10.012 ID - Kacki2011 ER - TY - JOUR AU - Schuenemann, V. J. AU - Bos, K. AU - DeWitte, S. AU - Schmedes, S. AU - Jamieson, J. AU - Mittnik, A. AU - Forrest, S. AU - Coombes, B. K. AU - Wood, J. W. AU - Earn, D. J. D. AU - White, W. AU - Krause, J. AU - Poinar, H. N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Targeted enrichment of ancient pathogens yielding the pPCP1 plasmid of Yersinia pestis from victims of the Black Death JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1105107108 DO - 10.1073/pnas.1105107108 ID - Schuenemann2011 ER - TY - JOUR AU - Bos, K. I. AU - Schuenemann, V. J. AU - Golding, G. B. AU - Burbano, H. A. AU - Waglechner, N. AU - Coombes, B. K. AU - McPhee, J. B. AU - DeWitte, S. N. AU - Meyer, M. AU - Schmedes, S. AU - Wood, J. AU - Earn, D. J. D. AU - Herring, D. A. AU - Bauer, P. AU - Poinar, H. N. AU - Krause, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - A draft genome of Yersinia pestis from victims of the Black Death JO - Nature VL - 478 UR - https://doi.org/10.1038/nature10549 DO - 10.1038/nature10549 ID - Bos2011 ER - TY - JOUR AU - Barnes, I. AU - Thomas, M. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evaluating bacterial pathogen DNA preservation in museum osteological collections JO - P Roy Soc B VL - 273 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2005.3339 DO - 10.1098/rspb.2005.3339 ID - Barnes2006 ER - TY - JOUR AU - Bouwman, A. S. AU - Brown, T. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - The limits of biomolecular palaeopathology: ancient DNA cannot be used to study venereal syphilis JO - J Arch Sci VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.jas.2004.11.014 DO - 10.1016/j.jas.2004.11.014 ID - Bouwman2005 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. P. AU - Cuccui, J. AU - White, W. AU - Lynnerup, N. AU - Titball, R. W. AU - Cooper, A. AU - Prentice, M. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Absence of Yersinia pestis-specific DNA in human teeth from five European excavations of putative plague victims JO - Microbiology VL - 150 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.26594-0 DO - 10.1099/mic.0.26594-0 ID - Gilbert2004 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. P. AU - Rudbeck, L. AU - Willerslev, E. AU - Hansen, A. J. AU - Smith, C. AU - Penkman, K. E. H. AU - Prangenberg, K. AU - Nielsen-Marsh, C. M. AU - Jans, M. E. AU - Arthur, P. AU - Lynnerup, N. AU - Turner-Walker, G. AU - Biddle, M. AU - Kjølbye-Biddle, B. AU - Collins, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Biochemical and physical correlates of DNA contamination in archaeological human bones and teeth excavated at Matera, Italy JO - J Arch Sci VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.jas.2004.12.008 DO - 10.1016/j.jas.2004.12.008 ID - Gilbert2005 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. P. AU - Hansen, A. J. AU - Willerslev, E. AU - Turner-Walker, G. AU - Collins, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Insights into the processes behind the contamination of degraded human teeth and bone samples with exogenous sources of DNA JO - Int J Osteoarchaeol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1002/oa.832 DO - 10.1002/oa.832 ID - Gilbert2006 ER - TY - JOUR AU - Pääbo, S. AU - Poinar, H. AU - Serre, D. AU - Jaenicke-Després, V. AU - Hebler, J. AU - Rohland, N. AU - Kuch, M. AU - Krause, J. AU - Vigilant, L. AU - Hofreiter, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genetic analyses from ancient DNA JO - Annu Rev Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.genet.37.110801.143214 DO - 10.1146/annurev.genet.37.110801.143214 ID - Pääbo2004 ER - TY - JOUR AU - Drancourt, M. AU - Raoult, D. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Palaeomicrobiology: current issues and perspectives JO - Nat Rev Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1063 DO - 10.1038/nrmicro1063 ID - Drancourt2005 ER - TY - JOUR AU - Roberts, C. AU - Ingham, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Using ancient DNA analysis in palaeopathology: a critical analysis of published papers and recommendations for future work JO - Int J Osteoarchaeol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1002/oa.966 DO - 10.1002/oa.966 ID - Roberts2008 ER - TY - JOUR AU - Tsangaras, K. AU - Greenwood, A. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Museums and disease: using tissue archive and museum samples to study pathogens JO - Ann Anat VL - 194 UR - https://doi.org/10.1016/j.aanat.2011.04.003 DO - 10.1016/j.aanat.2011.04.003 ID - Tsangaras2012 ER - TY - JOUR AU - Thèves, C. AU - Senescau, A. AU - Vanin, S. AU - Keyser, C. AU - Ricaut, F. X. AU - Alekseev, A. N. AU - Dabernat, H. AU - Ludes, B. AU - Fabre, R. AU - Crubézy PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular identification of bacteria by total sequence screening: determining the cause of death in ancient human subjects JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0021733 DO - 10.1371/journal.pone.0021733 ID - Thèves2011 ER - TY - JOUR AU - Knapp, M. AU - Hofreiter, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Next generation sequencing of ancient DNA: requirements, strategies and perspectives JO - Genes VL - 1 UR - https://doi.org/10.3390/genes1020227 DO - 10.3390/genes1020227 ID - Knapp2010 ER - TY - JOUR AU - Acuna-Soto, R. AU - Stahle, D. W. AU - Therrell, M. D. AU - Griffin, R. D. AU - Cleaveland, M. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - When half of the population died: the epidemic of hemorrhagic fevers of 1576 in Mexico JO - FEMS Microbiol Lett VL - 240 UR - https://doi.org/10.1016/j.femsle.2004.09.011 DO - 10.1016/j.femsle.2004.09.011 ID - Acuna-Soto2004 ER - TY - JOUR AU - Warinner, C. AU - Robles García, N. AU - Spores, R. AU - Tuross, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - Disease, demography, and diet in early colonial New Spain: investigation of a sixteenth-century Mixtec cemetery at Teposcolula Yucundaa JO - Lat Am Antiq VL - 23 UR - https://doi.org/10.7183/1045-6635.23.4.467 DO - 10.7183/1045-6635.23.4.467 ID - Warinner2012 ER - TY - JOUR AU - Marr, J. S. AU - Kiracofe, J. B. PY - 2000 DA - 2000// TI - Was the huey cocoliztli a haemorrhagic fever? JO - Med Hist VL - 44 ID - Marr2000 ER - TY - CHAP AU - Warinner, C. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - PhD thesis BT - Life and Death at Teposcolula Yucundaa: Mortuary, Archaeogenetic, and Isotopic Investigations of the Early Colonial Period in Mexico PB - Harvard University CY - Human Evolutionary Biology Department ID - Warinner2010 ER - TY - JOUR AU - Cooper, A. AU - Poinar, H. N. PY - 2000 DA - 2000// TI - Ancient DNA: do it right or not at all JO - Science VL - 289 UR - https://doi.org/10.1126/science.289.5482.1139b DO - 10.1126/science.289.5482.1139b ID - Cooper2000 ER - TY - JOUR AU - Debruyne, R. AU - Schwarz, C. AU - Poinar, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comment on ‘Whole-genome shotgun sequencing of mitochondria from ancient hair shafts” JO - Science VL - 322 UR - https://doi.org/10.1126/science.1158417 DO - 10.1126/science.1158417 ID - Debruyne2008 ER - TY - JOUR AU - Orlando, L. AU - Ginolhac, A. AU - Raghavan, M. AU - Vilstrup, J. AU - Rasmussen, M. AU - Magnussen, K. AU - Steinmann, K. E. AU - Kapranov, P. AU - Thompson, J. F. AU - Zazula, G. AU - Froese, D. AU - Moltke, I. AU - Shapiro, B. AU - Hofreiter, M. AU - Al-Rasheid, K. A. S. AU - Gilbert, M. T. P. AU - Willerslev, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - True single-molecule DNA sequencing of a pleistocene horse bone JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.122747.111 DO - 10.1101/gr.122747.111 ID - Orlando2011 ER - TY - JOUR AU - Ginolhac, A. AU - Vilstrup, J. AU - Stenderup, J. AU - Rasmussen, M. AU - Stiller, M. AU - Shapiro, B. AU - Zazula, G. AU - Froese, D. AU - Steinmann, K. E. AU - Thompson, J. F. AU - Al-Rasheid, K. A. S. AU - Gilbert, T. M. P. AU - Willerslev, E. AU - Orlando, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Improving the performance of true single molecule sequencing for ancient DNA JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-177 DO - 10.1186/1471-2164-13-177 ID - Ginolhac2012 ER - TY - JOUR AU - Masella, A. P. AU - Bartram, A. K. AU - Truszkowski, J. M. AU - Brown, D. G. AU - Neufeld, J. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - PANDAseq: PAired-eND Assembler for Illumina sequences JO - BMC Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-31 DO - 10.1186/1471-2105-13-31 ID - Masella2012 ER - TY - JOUR AU - Lassman, T. AU - Hayashizaki, Y. AU - Daub, C. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - TagDust—a program to eliminate artifacts from next generation sequencing data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp527 DO - 10.1093/bioinformatics/btp527 ID - Lassman2009 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Fu, L. AU - Niu, B. AU - Wu, S. AU - Wooley, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ultrafast clustering algorithms for metagenomic sequence analysis JO - Brief Bioinform VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbs035 DO - 10.1093/bib/bbs035 ID - Li2012 ER - TY - STD TI - Andrews S: Fastqc: A Quality Control Tool For High Throughput Sequence Data.http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/, UR - http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2078–2079 DA - 2078–2079// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 2009 ID - Li2078–2079 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and accurate long read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698 DO - 10.1093/bioinformatics/btp698 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Schubert, M. AU - Ginolhac, A. AU - Lindgreen, S. AU - Thompson, J. F. AU - Al-Rasheid, K. A. S. AU - Willerslev, E. AU - Krogh, A. AU - Orlando, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-178 DO - 10.1186/1471-2164-13-178 ID - Schubert2012 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Z. AU - Schwartz, S. AU - Wagner, L. AU - Miller, W. PY - 2000 DA - 2000// TI - A greedy algorithm for aligning DNA sequences JO - J Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1089/10665270050081478 DO - 10.1089/10665270050081478 ID - Zhang2000 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. AU - Mitra, S. AU - Ruscheweyh, H. -. J. AU - Weber, N. AU - Schuster, S. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Integrative analysis of environmental sequences using MEGAN4 JO - Genome Res VL - 2011 UR - https://doi.org/10.1101/gr.120618.111 DO - 10.1101/gr.120618.111 ID - Huson2011 ER - TY - BOOK PY - 2013 DA - 2013// TI - R: A Language And Environment For Statistical Computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna ID - ref44 ER - TY - STD TI - Hansen MA, Oey H, Fernandez-Valverde S, Jung C-H, Mattick JS: Biopieces: A Bioinformatics Toolset and Framework.http://www.biopieces.org, UR - http://www.biopieces.org ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Jónsson, H. AU - Ginolhac, A. AU - Schubert, M. AU - Johnson, P. AU - Orlando, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - mapDamage2.0: fast approximate Bayesian estimates of ancient DNA damage parameters JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt193 DO - 10.1093/bioinformatics/btt193 ID - Jónsson2013 ER - TY - JOUR AU - Briggs, A. W. AU - Stenzel, U. AU - Johnson, P. L. F. AU - Green, R. E. AU - Kelso, J. AU - Prüfer, K. AU - Meyer, M. AU - Krause, J. AU - Ronan, M. T. AU - Lachmann, M. AU - Pääbo, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0704665104 DO - 10.1073/pnas.0704665104 ID - Briggs2007 ER - TY - JOUR AU - Acuna-Soto, R. AU - Calderon Romero, L. AU - Maguire, J. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Large epidemics of hemorrhagic fevers in Mexico 1545–1815 JO - Am J Trop Med Hyg VL - 62 ID - Acuna-Soto2000 ER - TY - JOUR AU - Acuna-Soto, R. AU - Stahle, D. W. AU - Cleaveland, M. K. AU - Therrell, M. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Megadrought and megadeath in 16th century Mexico JO - Emerg Infect Dis VL - 8 UR - https://doi.org/10.3201/eid0804.010175 DO - 10.3201/eid0804.010175 ID - Acuna-Soto2002 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. P. AU - Rambaut, A. AU - Wlasiuk, G. AU - Spira, T. J. AU - Pitchenik, A. E. AU - Worobey, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - The emergence of HIV/AIDS in the Americas and beyond JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0705329104 DO - 10.1073/pnas.0705329104 ID - Gilbert2007 ER - TY - JOUR AU - Fordyce, S. L. AU - Ávila-Arcos, M. C. AU - Rasmussen, M. AU - Cappellini, E. AU - Romero-Navarro, J. A. AU - Wales, N. AU - Alquezar-Planas, D. E. AU - Penfield, S. AU - Brown, T. A. AU - Vielle-Calzada, J. -. P. AU - Montiel, R. AU - Jørgensen, T. AU - Odegaard, N. AU - Jacobs, M. AU - Arriaza, B. AU - Higham, T. F. G. AU - Bronk Ramsey, C. AU - Willerslev, E. AU - Gilbert, M. T. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Deep sequencing of RNA from ancient maize kernels JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0050961 DO - 10.1371/journal.pone.0050961 ID - Fordyce2013 ER - TY - JOUR AU - Worobey, M. AU - Gemmel, M. AU - Teuwen, D. E. AU - Haselkorn, T. AU - Kunstman, K. AU - Bunce, M. AU - Muyembe, J. -. J. AU - Kabongo, J. -. M. M. AU - Kalengayi, R. M. AU - Van Marck, E. AU - Gilbert, M. T. P. AU - Wolinksy, S. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Direct evidence of extensive diversity of HIV-1 in Kinshasa by 1960 JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07390 DO - 10.1038/nature07390 ID - Worobey2008 ER - TY - JOUR AU - Khairat, R. AU - Ball, M. AU - Chang, C. -. C. H. AU - Bianucci, R. AU - Nerlich, A. G. AU - Trautmann, M. AU - Ismail, S. AU - Shanab, G. M. L. AU - Karim, A. M. AU - Gad, Y. Z. AU - Pusch, C. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - First insights into the metagenome of Egyptian mummies using next-generation sequencing JO - J Appl Genetics VL - 54 UR - https://doi.org/10.1007/s13353-013-0145-1 DO - 10.1007/s13353-013-0145-1 ID - Khairat2013 ER - TY - JOUR AU - Chan, J. Z. -. M. AU - Sergeant, M. J. AU - Lee, O. Y. -. C. AU - Minnikin, D. E. AU - Besra, G. S. AU - Pap, I. AU - Spigelman, M. AU - Donoghue, H. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Metagenomic analysis of tuberculosis in a mummy JO - N Engl J Med VL - 369 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMc1302295 DO - 10.1056/NEJMc1302295 ID - Chan2013 ER - TY - JOUR AU - Adler, C. J. AU - Dobney, K. AU - Weyrich, L. S. AU - Kaidonis, J. AU - Walker, A. W. AU - Haak, W. AU - Bradshaw, C. J. A. AU - Townsend, G. AU - Sołtysiak, A. AU - Alt, K. W. AU - Parkhill, J. AU - Cooper, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sequencing ancient calcified dental plaque shows changes in oral microbiota with dietary shifts of the Neolithic and Industrial revolutions JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2536 DO - 10.1038/ng.2536 ID - Adler2013 ER - TY - JOUR AU - Malmström, H. AU - Svensson, E. M. AU - Gilbert, M. T. P. AU - Willerslev, E. AU - Götherström, A. AU - Holmlund, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - More on contamination: the use of asymmetric molecular behavior to identify authentic ancient human DNA JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm015 DO - 10.1093/molbev/msm015 ID - Malmström2007 ER - TY - JOUR AU - Costello, M. AU - Pugh, T. J. AU - Fennell, T. J. AU - Stewart, C. AU - Lichtenstein, L. AU - Meldrim, J. C. AU - Fostel, J. F. AU - Friedrich, D. C. AU - Perrin, D. AU - Dionne, D. AU - Kim, S. AU - Gabriel, S. B. AU - Lander, E. S. AU - Fisher, S. AU - Getz, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Discovery and characterization of artifactual mutations in deep coverage targeted capture sequencing data due to oxidative DNA damage during sample preparation JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1443 DO - 10.1093/nar/gks1443 ID - Costello2013 ER -