TY - JOUR AU - Anderson, E. S. AU - Ward, L. R. AU - Saxe, M. J. AU - Sa, J. D. PY - 1977 DA - 1977// TI - Bacteriophage-typing designations of Salmonella Typhimurium JO - J Hyg VL - 78 UR - https://doi.org/10.1017/S0022172400056187 DO - 10.1017/S0022172400056187 ID - Anderson1977 ER - TY - JOUR AU - Rabsch, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Salmonella Typhimurium phage typing for pathogens JO - Methods Mol Biol VL - 394 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-59745-512-1_10 DO - 10.1007/978-1-59745-512-1_10 ID - Rabsch2007 ER - TY - JOUR AU - Hyman, P. AU - Abedon, S. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bacteriophage host range and bacterial resistance JO - Adv Appl Microbiol VL - 70 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2164(10)70007-1 DO - 10.1016/S0065-2164(10)70007-1 ID - Hyman2010 ER - TY - JOUR AU - Labrie, S. J. AU - Samson, J. E. AU - Moineau, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bacteriophage resistance mechanisms JO - Nat Rev Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2315 DO - 10.1038/nrmicro2315 ID - Labrie2010 ER - TY - JOUR AU - Dupuis, M. E. AU - Villion, M. AU - Magadan, A. H. AU - Moineau, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - CRISPR-Cas and restriction-modification systems are compatible and increase phage resistance JO - Nat Commun VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms3087 DO - 10.1038/ncomms3087 ID - Dupuis2013 ER - TY - JOUR AU - Noble, D. J. AU - Lane, C. AU - Little, C. L. AU - Davies, R. AU - Pinna, E. AU - Larkin, L. AU - Morgan, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Revival of an old problem: an increase in Salmonellaenterica serovar Typhimurium definitive phage type 8 infections in 2010 in England and Northern Ireland linked to duck eggs JO - Epidemiol Infect VL - 140 UR - https://doi.org/10.1017/S0950268811000586 DO - 10.1017/S0950268811000586 ID - Noble2012 ER - TY - JOUR AU - Garvey, P. AU - McKeown, P. AU - Kelly, P. AU - Cormican, M. AU - Anderson, W. AU - Flack, A. AU - Barron, S. AU - De, L. a. p. p. e. N. AU - Buckley, J. AU - Cosgrove, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Investigation and management of an outbreak of Salmonella Typhimurium DT8 associated with duck eggs, Ireland 2009–2011 JO - Euro Surveill Bull Eur Sur Les maladies Transm Eur Commun Dis Bull VL - 18 ID - Garvey2013 ER - TY - JOUR AU - Thorvaldsdottir, H. AU - Robinson, J. T. AU - Mesirov, J. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrative genomics viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration JO - Brief Bioinform VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbs017 DO - 10.1093/bib/bbs017 ID - Thorvaldsdottir2013 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Liang, Y. AU - Lynch, K. H. AU - Dennis, J. J. AU - Wishart, D. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - PHAST: a fast phage search tool JO - Nucleic Acids Res. VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr485 DO - 10.1093/nar/gkr485 ID - Zhou2011 ER - TY - JOUR AU - Grissa, I. AU - Vergnaud, G. AU - Pourcel, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - CRISPRFinder: a web tool to identify clustered regularly interspaced short palindromic repeats JO - Nucleic Acids Res. VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm360 DO - 10.1093/nar/gkm360 ID - Grissa2007 ER - TY - JOUR AU - Carattoli, A. AU - Zankari, E. AU - Garcia-Fernandez, A. AU - Voldby Larsen, M. AU - Lund, O. AU - Villa, L. AU - Moller Aarestrup, F. AU - Hasman, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - In silico detection and typing of plasmids using plasmid finder and plasmid multilocus sequence typing JO - Antimicrob Agents Chemother. VL - 58 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.02412-14 DO - 10.1128/AAC.02412-14 ID - Carattoli2014 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Shepard, S. M. AU - Danzeisen, J. L. AU - Isaacson, R. E. AU - Seemann, T. AU - Achtman, M. AU - Johnson, T. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome sequences and phylogenetic analysis of K88- and F18-positive porcine enterotoxigenic Escherichia coli JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.06225-11 DO - 10.1128/JB.06225-11 ID - Shepard2012 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Bateman, A. AU - Clements, J. AU - Coggill, P. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Eddy, S. R. AU - Heger, A. AU - Hetherington, K. AU - Holm, L. AU - Mistry, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Pfam: the protein families database JO - Nucleic Acids Res. VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1223 DO - 10.1093/nar/gkt1223 ID - Finn2014 ER - TY - JOUR AU - Baggesen, D. L. AU - Sorensen, G. AU - Nielsen, E. M. AU - Wegener, H. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phage typing of Salmonella Typhimurium—is it still a useful tool for surveillance and outbreak investigation? JO - Euro Surveill Bull Eur Sur Les Mal Transm Eur Commun Dis Bull VL - 15 ID - Baggesen2010 ER - TY - JOUR AU - Roossinck, M. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - The good viruses: viral mutualistic symbioses JO - Nat Rev Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro2491 DO - 10.1038/nrmicro2491 ID - Roossinck2011 ER - TY - JOUR AU - Hiley, L. AU - Fang, N. X. AU - Micalizzi, G. R. AU - Bates, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Distribution of Gifsy-3 and of variants of ST64B and Gifsy-1 prophages amongst Salmonella enterica Serovar Typhimurium isolates: evidence that combinations of prophages promote clonality JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086203 DO - 10.1371/journal.pone.0086203 ID - Hiley2014 ER - TY - JOUR AU - McClelland, M. AU - Sanderson, K. E. AU - Spieth, J. AU - Clifton, S. W. AU - Latreille, P. AU - Courtney, L. AU - Porwollik, S. AU - Ali, J. AU - Dante, M. AU - Du, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Complete genome sequence of Salmonellaenterica serovar Typhimurium LT2 JO - Nature VL - 413 UR - https://doi.org/10.1038/35101614 DO - 10.1038/35101614 ID - McClelland2001 ER - TY - JOUR AU - Luo, Y. AU - Kong, Q. AU - Yang, J. AU - Mitra, A. AU - Golden, G. AU - Wanda, S. Y. AU - Roland, K. L. AU - Jensen, R. V. AU - Ernst, P. B. AU - Curtiss, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparative genome analysis of the high pathogenicity Salmonella Typhimurium strain UK-1 JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0040645 DO - 10.1371/journal.pone.0040645 ID - Luo2012 ER - TY - JOUR AU - Kroger, C. AU - Dillon, S. C. AU - Cameron, A. D. AU - Papenfort, K. AU - Sivasankaran, S. K. AU - Hokamp, K. AU - Chao, Y. AU - Sittka, A. AU - Hebrard, M. AU - Handler, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - The transcriptional landscape and small RNAs of Salmonella enterica serovar Typhimurium JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1201061109 DO - 10.1073/pnas.1201061109 ID - Kroger2012 ER - TY - JOUR AU - Hanna, L. F. AU - Matthews, T. D. AU - Dinsdale, E. A. AU - Hasty, D. AU - Edwards, R. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of the ELPhiS prophage from Salmonella enterica serovar Enteritidis strain LK5 JO - Appl Environ Microbiol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.07241-11 DO - 10.1128/AEM.07241-11 ID - Hanna2012 ER - TY - JOUR AU - Barrangou, R. AU - Horvath, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - CRISPR: new horizons in phage resistance and strain identification JO - Annu Rev Food Sci Technol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-food-022811-101134 DO - 10.1146/annurev-food-022811-101134 ID - Barrangou2012 ER - TY - JOUR AU - Makarova, K. S. AU - Grishin, N. V. AU - Shabalina, S. A. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action JO - Biol Direct VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1745-6150-1-7 DO - 10.1186/1745-6150-1-7 ID - Makarova2006 ER - TY - JOUR AU - Shariat, N. AU - Timme, R. E. AU - Pettengill, J. B. AU - Barrangou, R. AU - Dudley, E. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Characterization and evolution of Salmonella CRISPR-Cas systems JO - Microbiology VL - 161 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.000005 DO - 10.1099/mic.0.000005 ID - Shariat2015 ER - TY - JOUR AU - Fabre, L. AU - Zhang, J. AU - Guigon, G. AU - Hello, S. AU - Guibert, V. AU - Accou-Demartin, M. AU - Romans, S. AU - Lim, C. AU - Roux, C. AU - Passet, V. PY - 2012 DA - 2012// TI - CRISPR typing and subtyping for improved laboratory surveillance of Salmonella infections JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0036995 DO - 10.1371/journal.pone.0036995 ID - Fabre2012 ER - TY - JOUR AU - Pang, S. AU - Octavia, S. AU - Feng, L. AU - Liu, B. AU - Reeves, P. R. AU - Lan, R. AU - Wang, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic diversity and adaptation of Salmonella enterica serovar Typhimurium from analysis of six genomes of different phage types JO - BMC Genom VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-718 DO - 10.1186/1471-2164-14-718 ID - Pang2013 ER - TY - JOUR AU - Pang, S. AU - Octavia, S. AU - Reeves, P. R. AU - Wang, Q. AU - Gilbert, G. L. AU - Sintchenko, V. AU - Lan, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genetic relationships of phage types and single nucleotide polymorphism typing of Salmonellaenterica Serovar Typhimurium JO - J Clin Microbiol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01284-11 DO - 10.1128/JCM.01284-11 ID - Pang2012 ER - TY - JOUR AU - Roberts, R. J. AU - Belfort, M. AU - Bestor, T. AU - Bhagwat, A. S. AU - Bickle, T. A. AU - Bitinaite, J. AU - Blumenthal, R. M. AU - Degtyarev, S. AU - Dryden, D. T. AU - Dybvig, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - A nomenclature for restriction enzymes, DNA methyltransferases, homing endonucleases and their genes JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg274 DO - 10.1093/nar/gkg274 ID - Roberts2003 ER - TY - JOUR AU - Wilson, G. G. AU - Murray, N. E. PY - 1991 DA - 1991// TI - Restriction and modification systems JO - Annu Rev Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.ge.25.120191.003101 DO - 10.1146/annurev.ge.25.120191.003101 ID - Wilson1991 ER - TY - JOUR AU - Fang, G. AU - Munera, D. AU - Friedman, D. I. AU - Mandlik, A. AU - Chao, M. C. AU - Banerjee, O. AU - Feng, Z. AU - Losic, B. AU - Mahajan, M. C. AU - Jabado, O. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide mapping of methylated adenine residues in pathogenic Escherichia coli using single-molecule real-time sequencing JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2432 DO - 10.1038/nbt.2432 ID - Fang2012 ER - TY - JOUR AU - Yamaichi, Y. AU - Chao, M. C. AU - Sasabe, J. AU - Clark, L. AU - Davis, B. M. AU - Yamamoto, N. AU - Mori, H. AU - Kurokawa, K. AU - Waldor, M. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - High-resolution genetic analysis of the requirements for horizontal transmission of the ESBL plasmid from Escherichia coli O104:H4 JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1262 DO - 10.1093/nar/gku1262 ID - Yamaichi2015 ER - TY - JOUR AU - Kruger, D. H. AU - Bickle, T. A. PY - 1983 DA - 1983// TI - Bacteriophage survival: multiple mechanisms for avoiding the deoxyribonucleic acid restriction systems of their hosts JO - Microbiol Rev VL - 47 ID - Kruger1983 ER - TY - JOUR AU - Warren, R. A. PY - 1980 DA - 1980// TI - Modified bases in bacteriophage DNAs JO - Annu Rev Microbiol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.mi.34.100180.001033 DO - 10.1146/annurev.mi.34.100180.001033 ID - Warren1980 ER - TY - JOUR AU - Hattman, S. PY - 1982 DA - 1982// TI - DNA methyltransferase-dependent transcription of the phage Mu mom gene JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 79 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.79.18.5518 DO - 10.1073/pnas.79.18.5518 ID - Hattman1982 ER - TY - JOUR AU - Frost, J. A. AU - Ward, L. R. AU - Rowe, B. PY - 1989 DA - 1989// TI - Acquisition of a drug resistance plasmid converts Salmonella enteritidis phage type 4 to phage type 24 JO - Epidemiol Infect VL - 103 UR - https://doi.org/10.1017/S0950268800030594 DO - 10.1017/S0950268800030594 ID - Frost1989 ER - TY - JOUR AU - Burrus, V. AU - Waldor, M. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Shaping bacterial genomes with integrative and conjugative elements JO - Res Microbiol VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.resmic.2004.01.012 DO - 10.1016/j.resmic.2004.01.012 ID - Burrus2004 ER - TY - JOUR AU - Burrus, V. AU - Pavlovic, G. AU - Decaris, B. AU - Guedon, G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Conjugative transposons: the tip of the iceberg JO - Mol Microbiol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2002.03191.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2002.03191.x ID - Burrus2002 ER - TY - JOUR AU - Okoro, C. K. AU - Kingsley, R. A. AU - Connor, T. R. AU - Harris, S. R. AU - Parry, C. M. AU - Al-Mashhadani, M. N. AU - Kariuki, S. AU - Msefula, C. L. AU - Gordon, M. A. AU - Pinna, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Intracontinental spread of human invasive Salmonella Typhimurium pathovariants in sub-Saharan Africa JO - Nat Genet VL - 44 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2423 DO - 10.1038/ng.2423 ID - Okoro2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Stecher, G. AU - Peterson, D. AU - Filipski, A. AU - Kumar, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0 JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst197 DO - 10.1093/molbev/mst197 ID - Tamura2013 ER - TY - JOUR AU - Posada, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - jModelTest: phylogenetic model averaging JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn083 DO - 10.1093/molbev/msn083 ID - Posada2008 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Velvet: algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.074492.107 DO - 10.1101/gr.074492.107 ID - Zerbino2008 ER - TY - JOUR AU - Aziz, R. K. AU - Bartels, D. AU - Best, A. A. AU - DeJongh, M. AU - Disz, T. AU - Edwards, R. A. AU - Formsma, K. AU - Gerdes, S. AU - Glass, E. M. AU - Kubal, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The RAST server: rapid annotations using subsystems technology JO - BMC Genom VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-75 DO - 10.1186/1471-2164-9-75 ID - Aziz2008 ER - TY - JOUR AU - Roberts, R. J. AU - Vincze, T. AU - Posfai, J. AU - Macelis, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - REBASE—a database for DNA restriction and modification: enzymes, genes and genomes JO - Nucleic Acids Res. VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp874 DO - 10.1093/nar/gkp874 ID - Roberts2010 ER -