TY - JOUR AU - Cvetnić, Z. AU - Spicić, S. AU - Benic, M. AU - Katalinić-Janković, V. AU - Pate, M. AU - Krt, B. AU - Ocepek, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mycobacterial infection of pigs in Croatia JO - Acta Vet Hung VL - 55 UR - https://doi.org/10.1556/AVet.55.2007.1.1 DO - 10.1556/AVet.55.2007.1.1 ID - Cvetnić2007 ER - TY - JOUR AU - Nuru, A. AU - Zewude, A. AU - Mohammed, T. AU - Wondale, B. AU - Teshome, L. AU - Getahun, M. AU - Mamo, G. AU - Medhin, G. AU - Pieper, R. AU - Ameni, G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Nontuberculosis mycobacteria are the major causes of tuberculosis like lesions in cattle slaughtered at Bahir Dar Abattoir, northwestern Ethiopia JO - BMC Vet Res. VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/s12917-017-1168-3 DO - 10.1186/s12917-017-1168-3 ID - Nuru2017 ER - TY - JOUR AU - Omar, S. V. AU - Allam, M. AU - Joseph, L. AU - Mtshali, S. AU - Ismail, N. A. AU - Ismail, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Draft genome sequence of Mycobacterium peregrinum isolated from an HIV-positive patient in South Africa JO - Genome Announc. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00759-17 DO - 10.1128/genomeA.00759-17 ID - Omar2017 ER - TY - JOUR AU - Mrlik, V. AU - Slany, M. AU - Kubecka, J. AU - Seda, J. AU - Necas, A. AU - Babak, V. AU - Slana, I. AU - Kriz, P. AU - Pavlik, I. PY - 2012 DA - 2012// TI - A low prevalence of mycobacteria in freshwater fish from water reservoirs, ponds and farms JO - J Fish Dis VL - 35 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2761.2012.01369.x DO - 10.1111/j.1365-2761.2012.01369.x ID - Mrlik2012 ER - TY - JOUR AU - Gcebe, N. AU - Michel, A. L. AU - Hlokwe, T. M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Non-tuberculous Mycobacterium species causing mycobacteriosis in farmed aquatic animals of South Africa JO - BMC Microbiol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s12866-018-1177-9 DO - 10.1186/s12866-018-1177-9 ID - Gcebe2018 ER - TY - JOUR AU - Vitali, S. D. AU - Eden, P. A. AU - Payne, K. L. AU - Vaughan, R. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - An outbreak of mycobacteriosis in Gouldian finches caused by Mycobacterium peregrinum JO - Vet Clin North Am Exot Anim Pract. VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/j.cvex.2006.05.001 DO - 10.1016/j.cvex.2006.05.001 ID - Vitali2006 ER - TY - JOUR AU - Lisle, G. W. AU - Kawakami, R. P. AU - Yates, G. F. AU - Collins, D. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Isolation of Mycobacterium bovis and other mycobacterial species from ferrets and stoats JO - Vet Microbiol VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2008.05.022 DO - 10.1016/j.vetmic.2008.05.022 ID - Lisle2008 ER - TY - JOUR AU - Liu, H. AU - Yan, J. AU - Luo, J. AU - Yan, R. AU - Chen, H. AU - Cheng, H. AU - Liu, D. AU - He, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Mycobacteriosis associated with Mycobacterium peregrinum infection in Red-crowned Cranes (Grus japonensis) in China JO - J Wildl Dis VL - 50 UR - https://doi.org/10.7589/2013-08-216 DO - 10.7589/2013-08-216 ID - Liu2014 ER - TY - JOUR AU - Padya, L. AU - Chin’ombe, N. AU - Magwenzi, M. AU - Mbanga, J. AU - Ruhanya, V. AU - Nziramasanga, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Molecular identification of Mycobacterium species of public health importance in cattle in Zimbabwe by 16S rRNA gene sequencing JO - Open Microbiol J. VL - 31 UR - https://doi.org/10.2174/1874285801509010038 DO - 10.2174/1874285801509010038 ID - Padya2015 ER - TY - JOUR AU - Nishiuchi, Y. AU - Iwamoto, T. AU - Maruyama, F. PY - 2017 DA - 2017// TI - Infection sources of a common non-tuberculous mycobacterial pathogen, Mycobacterium avium complex JO - Front Med (Lausanne). VL - 4 ID - Nishiuchi2017 ER - TY - JOUR AU - Gupta, R. S. AU - Lo, B. AU - Son, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Phylogenomics and comparative genomic studies robustly support division of the genus Mycobacterium into an emended genus Mycobacterium and four novel genera JO - Front Microbiol. VL - 9 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.00067 DO - 10.3389/fmicb.2018.00067 ID - Gupta2018 ER - TY - JOUR AU - Harriff, M. J. AU - Wu, M. AU - Kent, M. L. AU - Bermudez, L. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Species of environmental mycobacteria differ in their abilities to grow in human, mouse, and carp macrophages and with regard to the presence of mycobacterial virulence genes, as observed by DNA microarray hybridization JO - Appl Environ Microbiol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01480-07 DO - 10.1128/AEM.01480-07 ID - Harriff2008 ER - TY - JOUR AU - Santos, A. AU - Cremades, R. AU - Rodriguez, J. C. AU - Garcia-Pachon, E. AU - Ruiz, M. AU - Royo, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mycobacterium peregrinum: bactericidal activity of antibiotics alone and in combination JO - J Infect Chemother. VL - 14 UR - https://doi.org/10.1007/s10156-008-0611-6 DO - 10.1007/s10156-008-0611-6 ID - Santos2008 ER - TY - JOUR AU - Cavusoglu, C. AU - Gurpinar, T. AU - Ecemis, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evaluation of antimicrobial susceptibilities of rapidly growing mycobacteria by Sensititre RAPMYCO panel JO - New Microbiol VL - 35 ID - Cavusoglu2012 ER - TY - JOUR AU - Brown-Elliott, B. A. AU - Hanson, K. AU - Vasireddy, S. AU - Iakhiaeva, E. AU - Nash, K. A. AU - Vasireddy, R. AU - Parodi, N. AU - Smith, T. AU - Gee, M. AU - Strong, A. AU - Barker, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Absence of a functional erm gene in isolates of Mycobacterium immunogenum and the Mycobacterium mucogenicum group, based on in vitro clarithromycin susceptibility JO - J Clin Microbiol VL - 53 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.02936-14 DO - 10.1128/JCM.02936-14 ID - Brown-Elliott2015 ER - TY - JOUR AU - Esteban, J. AU - Martín-de-Hijas, N. Z. AU - Ortiz, A. AU - Kinnari, T. J. AU - Bodas Sánchez, A. AU - Gadea, I. AU - Fernández-Roblas, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Detection of lfrA and tap efflux pump genes among clinical isolates of non-pigmented rapidly growing mycobacteria JO - Int J Antimicrob Agents VL - 34 UR - https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2009.06.026 DO - 10.1016/j.ijantimicag.2009.06.026 ID - Esteban2009 ER - TY - JOUR AU - Ito, T. AU - Maruyama, F. AU - Sawai, K. AU - Nozaki, K. AU - Otsu, K. AU - Ohya, K. PY - 2018 DA - 2018// TI - Draft genome sequence of Mycobacterium virginiense strain GF75, isolated from the mud of a swine farm in Japan JO - Genome Announc. VL - 6 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00362-18 DO - 10.1128/genomeA.00362-18 ID - Ito2018 ER - TY - JOUR AU - Adékambi, T. AU - Colson, P. AU - Drancourt, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - rpoB-based identification of nonpigmented and late-pigmenting rapidly growing mycobacteria JO - J Clin Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.41.12.5699-5708.2003 DO - 10.1128/JCM.41.12.5699-5708.2003 ID - Adékambi2003 ER - TY - JOUR AU - McNabb, A. AU - Eisler, D. AU - Adie, K. AU - Amos, M. AU - Rodrigues, M. AU - Stephens, G. AU - Black, W. A. AU - Isaac-Renton, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Assessment of partial sequencing of the 65-kilodalton heat shock protein gene (hsp65) for routine identification of Mycobacterium species isolated from clinical sources JO - J Clin Microbiol VL - 42 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.42.7.3000-3011.2004 DO - 10.1128/JCM.42.7.3000-3011.2004 ID - McNabb2004 ER - TY - JOUR AU - Nurk, S. AU - Bankevich, A. AU - Antipov, D. AU - Gurevich, A. A. AU - Korobeynikov, A. AU - Lapidus, A. AU - Prjibelski, A. D. AU - Pyshkin, A. AU - Sirotkin, A. AU - Sirotkin, Y. AU - Stepanauskas, R. AU - Clingenpeel, S. R. AU - Woyke, T. AU - McLean, J. S. AU - Lasken, R. AU - Tesler, G. AU - Alekseyev, M. A. AU - Pevzner, P. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Assembling single-cell genomes and mini-metagenomes from chimeric MDA products JO - J Comput Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2013.0084 DO - 10.1089/cmb.2013.0084 ID - Nurk2013 ER - TY - JOUR AU - Walker, B. J. AU - Abeel, T. AU - Shea, T. AU - Priest, M. AU - Abouelliel, A. AU - Sakthikumar, S. AU - Cuomo, C. A. AU - Zeng, Q. AU - Wortman, J. AU - Young, S. K. AU - Earl, A. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112963 DO - 10.1371/journal.pone.0112963 ID - Walker2014 ER - TY - JOUR AU - Wick, R. R. AU - Judd, L. M. AU - Gorrie, C. L. AU - Holt, K. E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Unicycler: resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads JO - PLoS Comput Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005595 DO - 10.1371/journal.pcbi.1005595 ID - Wick2017 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Imelfort, M. AU - Skennerton, C. T. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.186072.114 DO - 10.1101/gr.186072.114 ID - Parks2015 ER - TY - JOUR AU - Menzel, P. AU - Ng, K. L. AU - Krogh, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju JO - Nat Commun. VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms11257 DO - 10.1038/ncomms11257 ID - Menzel2016 ER - TY - JOUR AU - Eren, A. M. AU - Esen, Ö. C. AU - Quince, C. AU - Vineis, J. H. AU - Morrison, H. G. AU - Sogin, M. L. AU - Delmont, T. O. PY - 2015 DA - 2015// TI - Anvi“o: an advanced analysis and visualization platform for” omics data JO - PeerJ. VL - 3 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.1319 DO - 10.7717/peerj.1319 ID - Eren2015 ER - TY - JOUR AU - Tatusova, T. AU - DiCuccio, M. AU - Badretdin, A. AU - Chetvernin, V. AU - Nawrocki, E. P. AU - Zaslavsky, L. AU - Lomsadze, A. AU - Pruitt, K. D. AU - Borodovsky, M. AU - Ostell, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - NCBI prokaryotic genome annotation pipeline JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw569 DO - 10.1093/nar/gkw569 ID - Tatusova2016 ER - TY - JOUR AU - Richter, M. AU - Rosselló-Móra, R. AU - Glöckner, F. O. AU - Peplies, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - JSpeciesWS: a Web server for prokaryotic species circumscription based on pairwise genome comparison JO - Bioinformatics VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv681 DO - 10.1093/bioinformatics/btv681 ID - Richter2016 ER - TY - JOUR AU - Ho, Y. S. AU - Adroub, S. A. AU - Aleisa, F. AU - Mahmood, H. AU - Othoum, G. AU - Rashid, F. AU - Zaher, M. AU - Ali, S. AU - Bitter, W. AU - Pain, A. AU - Abdallah, A. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Complete genome sequence of Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum type strain DSM46621 JO - J Bacteriol VL - 194 UR - https://doi.org/10.1128/JB.01461-12 DO - 10.1128/JB.01461-12 ID - Ho2012 ER - TY - JOUR AU - Pang, S. AU - Renvoisé, A. AU - Perret, C. AU - Guinier, M. AU - Chelghoum, N. AU - Brossier, F. AU - Capton, E. AU - Jarlier, V. AU - Sougakoff, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Whole-genome sequence of Mycobacterium abscessus clinical strain V06705 JO - Genome Announc. VL - 1 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00690-13 DO - 10.1128/genomeA.00690-13 ID - Pang2013 ER - TY - JOUR AU - Asmar, S. AU - Rascovan, N. AU - Robert, C. AU - Drancourt, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Draft genome sequence of Mycobacterium mucogenicum strain CSUR P2099 JO - Genome Announc. VL - 3 ID - Asmar2015 ER - TY - JOUR AU - Hasan, N. A. AU - Davidson, R. M. AU - Moura, V. C. AU - Garcia, B. J. AU - Reynolds, P. R. AU - Epperson, L. E. AU - Farias-Hesson, E. AU - DeGroote, M. A. AU - Jackson, M. AU - Strong, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Draft genome sequence of Mycobacterium chelonae type strain ATCC 35752 JO - Genome Announc. VL - 3 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00536-15 DO - 10.1128/genomeA.00536-15 ID - Hasan2015 ER - TY - JOUR AU - Phelippeau, M. AU - Robert, C. AU - Croce, O. AU - Raoult, D. AU - Drancourt, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Draft genome sequence of Mycobacterium neoaurum strain DSM 44074T JO - Genome Announc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1128/genomeA.00699-14 DO - 10.1128/genomeA.00699-14 ID - Phelippeau2014 ER -