From: postQTL: a QTL mapping R workflow to improve the accuracy of true positive loci identification
Chromosome no | Simulated QTL | postQTL | Note | |||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mapping | Model search | Regression coefficients | Marker prediction | |||||
Identified QTL | Markers | LASSO | MCP | |||||
1 | Q1 (1.0)a | Q1 | SL4.0ch01.2197362 |  | − 0.12 | 0.00 |  |  |
 |  |  | SL4.0ch01.2487844 |  | 0.34 | 0.00 |  |  |
 |  |  | SL4.0ch01.2691495 | SL4.0ch01.2691495 | 0.81 | 1.01 | SL4.0ch01.2691495 |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch01.40326692 |  |
2 | None | Q2 | SL4.0ch02.429499 |  | − 0.10 | − 0.10 |  | False positive |
 |  |  | SL4.0ch02.13770617 |  | 0.14 | 0 |  |  |
 |  |  | SL4.0ch02.14095766 | SL4.0ch02.14095766 | 0.03 | 0.20 |  |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch02.8249371 |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch02.8542361 |  |
3 | None | Q3 | SL4.0ch03.3639459 | none | 0.00 | 0.00 | Â | False positive |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch03.11275781 |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch03.14433259 |  |
4 | None | Q4 | SL4.0ch04.18671677 | SL4.0ch04.18671677 | − 0.37 | 0.00 |  | False positive |
 |  |  | SL4.0ch04.17073658 |  | 0.68 | 0.34 |  |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch04.41538629 |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch04.43011116 |  |
5 | Q5 (0.5) | Q5 | SL4.0ch05.796224 | SL4.0ch05.796224 | 0.16 | 0.20 | Â | Â |
 |  |  | SL4.0ch05.2349396 | SL4.0ch05.2349396 | − 4.00 | − 0.42 |  |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch05.3014277 |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch05.4441924 |  |
6 | None | None | None | n/a | Â | Â | SL4.0ch06.39779625 | Â |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch06.40466450 |  |
7 | Q7 (0.2) | Q7 | SL4.0ch07.2934431 | SL4.0ch07.2934431 | − 0.20 | − 0.20 |  |  |
 |  |  | SL4.0ch07.1720405 |  | − 0.10 | 0.00 |  |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch07.4104019 |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch07.7244193 |  |
8 | None | None | None | n/a | Â | Â | SL4.0ch08.15907452 | Â |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch08.16388051 |  |
9 | None | None | None | n/a | Â | Â | SL4.0ch09.10567972 | Â |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch09.12706265 |  |
10 | None | None | None | n/a | Â | Â | SL4.0ch10.22453627 | Â |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch10.53911516 |  |
11 | None | None | None | n/a | Â | Â | SL4.0ch11.36161726 | Â |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch11.45414687 |  |
12 | Q12 (0.2) | Q12 | SL4.0ch12.7161 | SL4.0ch12.7161 | 0.37 | 0.33 | SL4.0ch12.7161 | Â |
 |  |  | SL4.0ch12.3165252 | SL4.0ch12.3165252 | − 0.29 | − 0.28 |  |  |
 |  |  |  |  |  |  | SL4.0ch12.49390591 |  |