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Table 1 Description of spoligotyping defined lineages/sublineages among M. tuberculosis strains isolated from patients residing in the West Bank/Palestinian territories, their proportion in study versus SITVIT2 database

From: Genetic characterization of Mycobacterium tuberculosis in the West Bank, Palestinian Territories

SIT (Lineage) Octal Number Spoligotype Description

Number (%) in study

% in study vs. SITVIT2 database

Orphan (T1) 037637037760771

1 (3.23)

100

□□□□■■■■■■■□□■■■■■□□□□■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■

  

Orphan (T1) 777777377660771

1 (3.23)

100

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SIT1 (Beijing) 000000000003771

2 (6.45)

0.02

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SIT4 (Unk) 000000007760771

3 (9.68)

0.93

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SIT10 (EAI8-MDG) 477777277413771

1 (3.23)

1.25

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SIT26 (CAS1-Delhi) 703777740003771

1 (3.23)

0.09

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SIT42 (LAM9)777777607760771

1 (3.23)

0.03

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SIT52 (T2) 777777777760731

1 (3.23)

0.13

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SIT53 (T1) 777777777760771

11 (35.48)

0.2

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SIT54 (Manu2) 777777777763771

1 (3.23)

0.47

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SIT62 (H1) 777777774020731

1 (3.23)

0.2

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SIT118 (T1) 777767777760771

1 (3.23)

0.71

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SIT367 (TUR) 777737404760771

1 (3.23)

8.33

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SIT390 (H3) 777777777620771

1 (3.23)

3.45

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SIT482 (BOV_1) 676773777777600

2 (6.45)

0.27

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SIT750 (H3) 003777740003171

1 (3.23)

4.76

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SIT3348* (Unk) 003777740003171

1 (3.23)

50

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  1. Note that SIT3348* was "newly created” within this study. Lineage designations were according to revised SpolDB4 rules [10]. Unk (unknown) designates patterns that did not belong to known lineages described in the database; TUR (Turkey) designates the newly assigned Turkey lineage, previously classified as LAM7-TUR [11].