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Table 1 Mutations comparison of non-structural protein (NS1) of 27 equine influenza viruses

From: Multiple alignment comparison of the non-structural genes of three strains of equine influenza viruses (H3N8) isolated in Morocco

Strains

Amino-acid positions

24

33

44

47

48

53

56

59

67

69

71

77

79

81

84

86

91

96

98

111

112

A/equine/Miami/1/1963

D

L

R

G

S

D

T

R

R

L

E

L

M

I

V

A

T

D

M

V

A

A/Equine/Nador/1/1997

N

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K

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I

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Q

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V

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T

A/Equine/Essaouira/2//2004

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A/Equine/Essaouira/3/2004

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A/equine/Uruguay/1/1963

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H

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I

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A/equine/Algiers/1/1972

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K

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G

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R

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I

E

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A/equine/Romania/1/1980

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K

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T

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T

A/equine/Fontainebleau/1979

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K

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T

A/equine 2/Suffolk/89

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K

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Q

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F

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T

A/equine/Yvelines/2136/1989

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K

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Q

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T

A/equine/Newmarket/2/1993

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K

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Q

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V

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T

A/equine/Italy/1199/1992

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K

S

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Q

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V

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T

A/eq/Roma/5/91

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K

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Q

M

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V

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T

A/equine/Avesta/1/1993

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K

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Q

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V

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T

A/equine/Berlin/1/1989

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K

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Q

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T

A/equine/Grobois/1/1998

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V

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A/eq/LaPlata/93

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A/equine/Florida/2/2006

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A/equine/Ohio/1/2003

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K

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T

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A/equine/Richmond/1/2007

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A/equine/Kentucky/7/2007

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K

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T

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A/equine/Wisconsin/1/03

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Q

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K

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T

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A/equine/California/1/2007

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K

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T

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A/equine/Cheshire/1/2006

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K

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N

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Q

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D

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A/equine/Kentucky/1/1992

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K

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Q

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A/equine/Newmarket/1/1993

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K

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N

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Q

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T

A/equine/Newmarket/5/2003

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I

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H

Q

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K

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I

T

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T

Strains

Amino-acid positions

117

129

139

140

146

179

185

186

194

197

205

207

209

212

213

216

223

227

228

229

230

A/equine/Miami/1/1963

I

I

E

R

L

G

L

E

V

T

S

H

N

P

S

P

A

E

S

E

V

A/Equine/Nador/1/1997

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K

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F

K

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T

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E

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A/Equine/Essaouira/2//2004

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A/Equine/Essaouira/3/2004

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A/equine/Uruguay/1/1963

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A/equine/Algiers/1/1972

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A/equine/Yvelines/2136/1989

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A/equine/Newmarket/2/1993

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A/equine/Italy/1199/1992

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A/equine/Avesta/1/1993

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A/equine/Berlin/1/1989

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A/equine/Grobois/1/1998

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A/eq/LaPlata/93

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A/equine/Florida/2/2006

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A/equine/Ohio/1/2003

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A/equine/Richmond/1/2007

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A/equine/Kentucky/7/2007

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A/equine/Wisconsin/1/03

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A/equine/California/1/2007

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A/equine/Cheshire/1/2006

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A/equine/Kentucky/1/1992

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A/equine/Newmarket/1/1993

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  1. Accessions numbers: Moroccan strains: A/equine/Nador/1/1997, AFN69204; A/equine/Essaouira/2/2004, AFJ69907; A/equine/Essaouira/3/2004, AFJ69911. Predivergent strains: A/equine/Miami/1/1963, ABY81497; A/equine/Uruguay/1/1963, ACD85423; A/equine/Algiers/1/1972, ACF22131; A/equine/Romania/1/1980, ACD85379; A/equine/Fontainebleau/1979, AAC35571. European lineage: A/equine 2/Suffolk/89, CAA56366; A/equine/Yvelines/2136/1989, AAC31256; A/equine/Newmarket/2/1993, ACI48782; A/equine/Italy/1199/1992, ACD85313; A/equine/Rome/5/1991, AAC31262; A/equine/Avesta/1/1993, BAI67724; A/equine/Berlin/1/1989, ACD85412; A/equine/Grobois/1/1998, AAP92165. American lineage: A/eq/LaPlata/93, AAC31270; A/equine/Florida/2/2006, ACH95625; A/equine/Ohio/1/2003, ABA42431; A/equine/Richmond/1/2007, ACH95617; A/equine/Kentucky/7/2007, ACH95629; A/equine/Wisconsin/1/03, ABB17179;.A/equine/California/1/2007, ACH95621; A/equine/Cheshire/1/2006, ACH95605; A/equine/Kentucky/1/1992, ACA24639; A/equine/Newmarket/1/1993, ACI48792; A/equine/Newmarket/5/2003, ACI48802
  2. ., No mutation compared to the reference strain; —, Amino acid residue is not available
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BMC Research Notes

ISSN: 1756-0500

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