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Table 1 Mutations comparison of non-structural protein (NS1) of 27 equine influenza viruses

From: Multiple alignment comparison of the non-structural genes of three strains of equine influenza viruses (H3N8) isolated in Morocco

Strains Amino-acid positions
24 33 44 47 48 53 56 59 67 69 71 77 79 81 84 86 91 96 98 111 112
A/equine/Miami/1/1963 D L R G S D T R R L E L M I V A T D M V A
A/Equine/Nador/1/1997 N . K . I . . . Q . . . . . . V . . . . T
A/Equine/Essaouira/2//2004 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
A/Equine/Essaouira/3/2004 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
A/equine/Uruguay/1/1963 . . . . . . . H . . . . . . . . . . I . .
A/equine/Algiers/1/1972 . . K . . . . . G . . . R . . . I E . . .
A/equine/Romania/1/1980 . . K . . . . . . . . . . T . . . . . . T
A/equine/Fontainebleau/1979 . . K . . . . . . . . . . . . . . . . . T
A/equine 2/Suffolk/89 . . K . . . . . Q . . F . . . . . . . . T
A/equine/Yvelines/2136/1989 . . K . . . . . Q . . . . . . . . . . . T
A/equine/Newmarket/2/1993 . . K . . . . . Q . . . . . . V . . . . T
A/equine/Italy/1199/1992 . . K S . . . . Q . . . . . . V . . . . T
A/eq/Roma/5/91 . . K . . . . . Q M . . . . . V . . . . T
A/equine/Avesta/1/1993 . . K . . . . . Q . . . . . . V . . . . T
A/equine/Berlin/1/1989 . . K . . . . . Q . . . . . . . . . . . T
A/equine/Grobois/1/1998 . . K . . . . . Q . . . . . . V . . . . T
A/eq/LaPlata/93 . . K . . . . . Q . . . . . . . . . . . T
A/equine/Florida/2/2006 . . . . . . . H Q . K . . . . T . . . I T
A/equine/Ohio/1/2003 . . . . . . . H Q . K . . . . T . . . . T
A/equine/Richmond/1/2007 . . . . I . . H Q . K . . . I T . . . . T
A/equine/Kentucky/7/2007 . . . . . . . H Q . K . . . . T . . . . T
A/equine/Wisconsin/1/03 . . . . . . . H Q . K . . . . T . . . . T
A/equine/California/1/2007 . . . . . . . H Q . K . . . . T . . . . T
A/equine/Cheshire/1/2006 . . K . . N . . Q . D . . . . . . . . . T
A/equine/Kentucky/1/1992 . . K . . . . . Q . . . . . . . . . . . T
A/equine/Newmarket/1/1993 . . K . . N . . Q . . . . . . . . . . . T
A/equine/Newmarket/5/2003 . . . . I . . H Q . K . . . I T . . . . T
Strains Amino-acid positions
117 129 139 140 146 179 185 186 194 197 205 207 209 212 213 216 223 227 228 229 230
A/equine/Miami/1/1963 I I E R L G L E V T S H N P S P A E S E V
A/Equine/Nador/1/1997 . . K . . . F K . . . . . . T . E . P . .
A/Equine/Essaouira/2//2004 . . . . . . . . . . . . . . . . . . P . .
A/Equine/Essaouira/3/2004 . . . . . . . . . . . . . . . . . . P . .
A/equine/Uruguay/1/1963 . . . . . . . . . . . . D . . . . . . . .
A/equine/Algiers/1/1972 . . . . . E . . . . . . . . . S
A/equine/Romania/1/1980 . . . . . . . K . A . N . . . . . . . . .
A/equine/Fontainebleau/1979 V . . . I . . K . A . N . . . . . . . . .
A/equine 2/Suffolk/89 . . . . . . . K . . . . . . . . E . . . .
A/equine/Yvelines/2136/1989 . . . . . . . K . . . . . . . . E . P . .
A/equine/Newmarket/2/1993 . . . . . . . K . . . . . . T . E . P . .
A/equine/Italy/1199/1992 . . . . . . . K . . . . . . . . E . P . .
A/eq/Roma/5/91 . . . . . . . K . . . . . . . . E . P . .
A/equine/Avesta/1/1993 . . . . . . . K . . . . . . . . E . P . .
A/equine/Berlin/1/1989 . . . . . . . K . . . . . . . . E . P . .
A/equine/Grobois/1/1998 . . . M . R F K . . N . . . T . E . P . .
A/eq/LaPlata/93 . V . . . . . K I . . . . . . . E . P . .
A/equine/Florida/2/2006 . . . . . . . K I . . . . . . S
A/equine/Ohio/1/2003 . . . . . . . K I . . . . . . S
A/equine/Richmond/1/2007 . . . . . . . K I . . Y . . . S
A/equine/Kentucky/7/2007 . . . . . . . K I . . . . . . S
A/equine/Wisconsin/1/03 . . . . . . . K I . . . . . . S E K P K I
A/equine/California/1/2007 . . . . . . . K I . . . . . . S
A/equine/Cheshire/1/2006 . . . . . . F K I . . . . S . . E . P . .
A/equine/Kentucky/1/1992 . . . . . . . K I . . . . . . . E . P . .
A/equine/Newmarket/1/1993 . . . . . . F K I . . . . S . . E . P . .
A/equine/Newmarket/5/2003 . . . . . . . K I . . . . . . S
  1. Accessions numbers: Moroccan strains: A/equine/Nador/1/1997, AFN69204; A/equine/Essaouira/2/2004, AFJ69907; A/equine/Essaouira/3/2004, AFJ69911. Predivergent strains: A/equine/Miami/1/1963, ABY81497; A/equine/Uruguay/1/1963, ACD85423; A/equine/Algiers/1/1972, ACF22131; A/equine/Romania/1/1980, ACD85379; A/equine/Fontainebleau/1979, AAC35571. European lineage: A/equine 2/Suffolk/89, CAA56366; A/equine/Yvelines/2136/1989, AAC31256; A/equine/Newmarket/2/1993, ACI48782; A/equine/Italy/1199/1992, ACD85313; A/equine/Rome/5/1991, AAC31262; A/equine/Avesta/1/1993, BAI67724; A/equine/Berlin/1/1989, ACD85412; A/equine/Grobois/1/1998, AAP92165. American lineage: A/eq/LaPlata/93, AAC31270; A/equine/Florida/2/2006, ACH95625; A/equine/Ohio/1/2003, ABA42431; A/equine/Richmond/1/2007, ACH95617; A/equine/Kentucky/7/2007, ACH95629; A/equine/Wisconsin/1/03, ABB17179;.A/equine/California/1/2007, ACH95621; A/equine/Cheshire/1/2006, ACH95605; A/equine/Kentucky/1/1992, ACA24639; A/equine/Newmarket/1/1993, ACI48792; A/equine/Newmarket/5/2003, ACI48802
  2. ., No mutation compared to the reference strain; —, Amino acid residue is not available