Table 1 Primer sequences for PCR and LAMP diagnostic marker sets of MS1 in Cryptomeria japonica
Maker ID | Primer ID | Primer sequencea |
|---|---|---|
(a) ALP_ms1-1 | CJt020762_F145 | CCATGCCTTTCTTACATGACGAG |
CJt020762_R294_A | GCCTCCCTCGCGCCATTGATTAATGGGAAAGCCCAGAA | |
(b) ALP_ms1-2 | CJt020762_F1O7.F_A | GCCTCCCTCGCGCCACCTCCGGTGTATCAAACTTCAA |
CJt020762_F1O7.R | ATTCGCCCTTTCCAAATGTTAGC | |
(c) ALP_ms1 | CJt020762_ms1-1_F | GCTATAGACTGCACCGACCC |
CJt020762_ms1-1_R | AGCCCAGAAAATCGTCCCTG | |
CJt020762_ms1-2_F | GAATCCACCGCCACGACTAT | |
CJt020762_ms1-2_R | TGAACTCTGTTTCCATGGCA | |
(d) ASP_ms1-1 | CJt020762_mt-224F_C.f | CTGTGACTCACTGGCCACAGTAAC |
Cjt020762common.r | AGAGAGTGATGGTTTGATTAATGGGAAA | |
(e) ASP_ms1-1_wt | CJt020762_wt-227F_A.f | GTGACTCACTGGCCACAGTCATAAA |
Cjt020762common.r | AGAGAGTGATGGTTTGATTAATGGGAAA | |
(f) LAMP_ms1-1 | 4D-1_FIP | ACGATGGGGTCGGTGCAGTCTAGCGGTAGCAGAAAGTGTGAT |
4D-1_BIP-3C | ACGAGATCAGCCAAGCTTTCCAACCCTGCGTGGGTCTG | |
4D-1_F3 | GCGGCAATTGTGAGAGCATT | |
4D-1_B3 | GAAAATCGTCCCTGGAGACG | |
(g) LAMP_ms1-1_wt | MS1-190727_FIP-2A | TATTGATGACTGTGGCCAGTGAAGATCAGCCAAGCTTTCCAT |
MS1-190727_BIP | GGTGCTTGTGCGAGCTCGTCGGAGCGAGAGAGTGATGGTT | |
MS1-190727_F3 | ATCGTGAGCCTCTCACCA | |
MS1-190727_B3 | GGTCAAGTTCACGCGGATA | |
(h) LAMP_ms1-2 | 30D-1-FIP-3T | TGTAGTGATCCCCAAAATAGCCGTTAGCATTGCTGGAGCC |
30D-1-BIP | TGAAGTTTGATACACCGGAGGTTTCTGCTAAATATAACTTTGAACTCTG | |
30D-1-F3 | TGATTCGCCCTTTCCAAAT | |
30D-1-B3 | AGACAACAGCAATTCATTCA |