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Table 1 Characteristics of variants of uncertain significance found in the study

From: Targeted sequencing of selected functional genes in patients with wild-type transthyretin amyloidosis

Functional category

Gene

Sample

dbSNP ID

Transcript

Nucleotide change

Protein change

Allele Frequency in our study

MAFa in GnomAD v2.1.1

ClinVar Classification

SIFTb

PolyPhen-2c

Mutation Tasterd

SpliceAIe

Altered expression patterns in ATTR amyloidosis

TF:

M14

rs121918677

ENST00000402696.3

c.2012G > A

p.Gly671Glu

0.019

0.002491

ID: 12,616. Conflicting interpretations of pathogenicity (Pathogenic/ Likely benign). Atransferrinemia and transferrin variant B2

0,002 (D)

1 (D)

0.999 (D)

–

CP

M14

rs139633388

ENST00000264613.6

c.2684G > C

p.Gly895Ala

0.019

0.001464

ID 42054. Conflicting interpretations. Aceruloplasminemi and deficiency of ferroxidase

0.008 (D)

1 (D)

1 (D)

–

CP

M14

rs202217551

ENST00000264613.6

c.929G > A

p.Arg310His

0.019

0.0002017

ID 546261. Uncertain significance. Deficiency of ferroxidase

0.209 (T)

0.211 (B)

0.995 (D)

–

Altered in other amyloidotic diseases

ABCA1

M26

rs140365800

ENST00000374736.3

c.3053A > G

p.Asp1018Gly

0.019

0.0006329

ID 364423. Conflicting interpretations of pathogenicity (VUS or benign). Tangier disease and primary hypoalphalipoproteinemia

0.013 (D)

0.999 (D)

1 (D)

–

APP

M2

rs200857049

ENST00000346798.3

c.446A > G

p.His149Arg

0.019

–

ID: 1,938,835. Uncertain significance. Alzheimer's disease

0.426 (D)

0.943 (D)

1 (D)

–

GC

M24

–

ENST00000504199.1

c.1184G > A

p.Cys395Tyr

0.019

–

–

0.018 (D)

1 (D)

1 (D)

–

Chaperones

FGA

M12

rs748106542

ENST00000302053.3

c.514G > A

p.Asp172Asn

0.019

0.00006404

–

0.0 (D)

0.997 (D)

1 (D)

–

FGA

M6

rs150073296

ENST00000302053.3

c.2285C > T

p.Ala762Val

0.019

0.0001698

–

0.001 (D)

0.967 (D)

1 (D)

–

FGB

M20

–

ENST00000302068.4

c.676C > T

p.Pro226Ser

0.019

–

–

0.002 (D)

0.998 (D)

1 (D)

–

ECM components

ECM1

M6

rs144607263

ENST00000369047.4

c.1083C > T

p.Ala361 = (splice region)

0.019

0.0000521

–

–

–

1 (D)

0 (Benign)

FN1

M7

–

ENST00000354785.4

c.7304G > A

p.Gly2435Asp

0.019

–

–

0.192 (T)

0.967 (D)

1 (D)

–

HSPG2

M6

–

ENST00000374695.3

c.7795G > A

p.Val2599Met

0.019

–

–

0.019 (D)

0.999 (D)

0.646 (D)

–

MMP9

M16

rs1490219180

ENST00000372330.3

c.1159 T > G

p.Phe387Val

0.019

0.00002804

–

0.003 (D)

0.071 (B)

1 (D)

–

Proteolysis

F2

M24

rs760923326

ENST00000311907.5

c.341C > T

p.Thr114Met

0.019

0.000003983

–

0.374 (T)

0.021 (B)

1 (N)

–

PLAT

M16

–

ENST00000220809.4

c.920C > T

p.Pro307Leu

0.019

–

–

0.005 (D)

0.784 (D)

1 (D)

–

PLAT

M26

rs61755432

ENST00000220809.4

c.1481G > C

p.Gly494Ala

0.019

0.0009440

ID: 810,282. Uncertain significance. Thrombocytopenia

0.182 (T)

0.98 (D)

0.999 (D)

–

PSEN2

M12

rs150400387

ENST00000366783.3

c.184C > T

p.Arg62Cys

0.019

0.0002195

ID: 567,646. Alzheimer disease 4 and Dilated cardiomyopathy 1 V

0.012 (D)

0.877 (D)

0.803 (N)

–

  1. aMAF Minor Allele Frequency
  2. bSIFT score: < 0.05 deleterious (D); > 0.05 tolerated (T). For missense variants only
  3. cPolyPhen2 score: < 0.15 benign (B); > 0.15 likely pathogenic (D). For missense variants only
  4. dMutationTaster score: probability that the prediction is true, higher when close to 1. Likely pathogenic (D); Likely benign (N)
  5. eSplice AI score: probability of the variant being splice-altering. From 0 to 1, higher when close to 1
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BMC Research Notes

ISSN: 1756-0500

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